Auf den Bildern von Thomas kann man die Ursache ja gut erkennen. Die Dichtung der Scheibe zieht die Fensterschaftdichtung ja ein Stück mit nach unten und knickt sie dabei etwas um. Kann man bestimmt mittels Gleitmittel auf der Scheibendichtung abmildern. Bei meinem B6 hab ich allerdings keinerlei Verschleißerscheinungen und die ob. beschriebene Stelle ist auch richtig elastisch, da "knickt" nichts ein.
Die Fensterschaftabdichtung kostet (zumindest beim B6) so um 50€ ohne die Zierleiste.